El asunto aquí representado por Velázquez tiene escasos precedentes en el arte español y es casi desconocido en otras partes de Europa, ya que en esta versión de la Flagelación han sido eliminados algunos elementos de los Evangelios, siendo sustituidos por otros. Así vemos a Cristo azotado y ensangrentado en el suelo, amarrado a la columna de la izquierda, abandonado por sus verdugos. De la cabeza doliente de Jesús parte un rayo de luz dirigido hacia el Alma Cristiana, que aparece acompañada por un ángel.

El realismo vuelve a aparecer tanto en los rostros de los personajes como en los pliegues de los pesados paños que portan, así como en las cuerdas con las que se agarra Cristo a la columna o los flagelos que aparecen en el suelo. Resulta especialmente interesante las expresiones de los rostros de los personajes, tratados con una enorme dosis de realismo.